Adicione checkboxes da maneira que quiser, basta se certificar que estão dentro do mesmo fieldset.

<fieldset>
	// o id checkall que determina qual checkbox é o de marcar todos
	// Serão afetados somente os checkboxes dentro do primeiro fieldset.
	<div><input type="checkbox" id="checkall"> Marcar todos</div>
	<div><input type="checkbox"> Checkbox</div>
	<div><input type="checkbox"> Checkbox</div>
	<div><input type="checkbox"> Checkbox</div>
</fieldset>

<fieldset>
	// Esses não serão afetados pelo "marcar todos
	<div><input type="checkbox"> Checkbox</div>
	<div><input type="checkbox"> Checkbox</div>
	<div><input type="checkbox"> Checkbox</div>
</fieldset>

Após os checkboxes inclua este código

<script language="javascript">
$(function () { // this line makes sure this code runs on page load
	$('#checkall').click(function () {
		$(this).parents('fieldset:eq(0)').find(':checkbox').attr('checked', this.checked);
	});
});
</script>

Fonte: http://briancray.com/2009/08/06/check-all-jquery-javascript/